Reconstrução de Árvores Filogenéticas a partir de mtDNA usando o Algoritmo SEQUITUR

Andresso da Silva, Milena M. Arruda, Francisco M. Assis

DOI: 10.14209/sbrt.2021.1570731983

Evento: XXXIX Simpósio Brasileiro de Telecomunicações e Processamento de Sinais (SBrT2021)

Keywords: SEQUITUR Complexidade Árvore filogenética

Abstract

A análise filogenética de sequências genômicas agrupa informações sobre a diversidade biológica e classificação genética dos organismos. Essa análise é comumente feita utilizando técnicas de alinhamento de sequências. Contudo, esses métodos têm um custo computacional alto, especialmente à medida que o comprimento das sequências genômicas crescem. Neste artigo é proposto a utilização do algoritmo SEQUITUR para definir a distância entre sequências de mtDNA de dez espécies. Os resultados obtidos a partir do método proposto foram comparados com os gerados baseado em abordagens anteriores que utilizaram o algoritmo de Lempel-Ziv. As árvores filogenéticas geradas foram semelhantes nos dois casos, produzindo os mesmos agrupamentos conforme os grandes grupos analisados. Porém, o tempo médio para a geração das árvores utilizando o SEQUITUR foi da ordem de minutos, enquanto que utilizando o Lempel-Ziv foi de horas. Desta forma, o método proposto possui características preferíveis na aplicação de reconstrução de árvores a partir de sequências de DNA.

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